Melalui program Waqf Endowment Fund yang dikelola oleh STF UIN Jakarta adalah dana wakaf tunai yang bersifat abadi untuk disalurkan manfaatnya dalam bentuk beasiswa pendidikan bagi pelajar dan mahasiswa di lingkungan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta khususnya, serta di tingkat satuan pendidikan dan universitas di seluruh Indonesia pada umumnya. Selain itu manfaat juga disalurkan dalam bentuk bantuan dana penelitian dan kegiatan sosial lainnya.
